רשויות הארגון ומוסדותיו
הוועידה
הוועידה היא המוסד העליון של האגודה. הוועידה מתכנסת אחת ל- 4 שנים.
תפקידה לדון בבעיות בוערות של הענף , לדון בשנויים נדרשים בתקנון, ולבחור את מועצת הארגון ואת וועדת הביקורת.
המועצה
המועצה נבחרת פעם ב- 4 שנים וכוללת 62 חברים המוצעים לבחירה בוועידה על ידי כל אזור ואזור.
המועצה מתכנסת בין 3 ל- 4 פעמים בשנה ותפקידה לדון בבעיות השוטפות והעקרוניות של הענף, לשמוע דיווחים מהמזכירות, לבחור את המנכ"ל כאשר מסתיימת תקופת כהונה, לאשר את התקציב ולבקר אותו.
המזכירות
מזכירות הארגון כוללת 18 חברי מזכירות ועוד 7 משקיפים המזכירות מתכנסת אחת לחודש דנה ומחליטה בכל הנושאים השוטפים של הארגון והענף. החלטותיה מהוות הכוונה ואבני דרך לניהול השוטף הנעשה על ידי המנכ"ל וועדת הכספים.
ראו הרכב מזכירות הארגון
וועדת כספים
וועדת הכספים של הארגון משמשת למעשה גם הנהלה פעילה וועדת הכספים מורכבת מ-6 חברי מזכירות וביניהם רכז הוועדה המנכ"ל והגזבר. תפקידה להחליט בנושאים שוטפים וכספיים המגיעים לפתחה בין מזכירות למזכירות ולעזור למנכ"ל בניהול השוטף.
מוסדות נוספים הקשורים בארגון:
עלון הנוטע
עלון הנוטע היוצא לאור על ידי הארגון בעזרת חברת ההפקה משנת 1945 מדי חודש ללא הפסקה הוא עיתון מקצועי בעל רמה גבוהה ביותר הכולל תוצאות מחקרים , תצפיות, תוצאות שיווק, והנחיות הדרכה בכל גידולי המטע. העיתון משרת את כל הנוטעים בישראל כולל את מגדלי ההדרים והבננות.
המעבדה לקירור ואחסון בקריית שמונה
המעבדה המנוהלת על ידי החברה למחקר ופיתוח של איסום וקירור הפירות בע"מ נמצאת בבעלות משותפת של ארגון מגדלי פירות 74% התאחדות האיכרים 25% ומועצת הצמחים 1% מניית זהב.
המעבדה עוסקת בניסיונות לשיפור חיי מדף של מיני פירות רבים בקירור ואחרי הקירור, הן בקירור רגיל והן באווירה מבוקרת.
המעבדה השיגה בעבודותיה הישגים רבים והיא בעל חשיבות מיוחדת לענף הפירות כולו.